尚未解決的法律問題（其一）
「富士山八合目以上全部屬於個人（或法人）私有」這種說法，聽起來大膽到常被當成都市傳說一笑 置之——但這其實是經日本最高法院確定的法律事實。江戶時代，據傳幕府（德川家）曾將山頂一帶 土地捐贈給位於山腳的神社「富士山本宮淺間大社」。即便經歷明治維新的現代化改革與戰後的土地 重劃，這片土地的歸屬問題始終未能徹底釐清，長期處於未登記狀態。
自1970年代起，國家與淺間大社之間就山頂一帶的土地所有權持續進行訴訟，歷經長達17年的爭訟後， 2004年，最高法院維持一、二審判決，認定山頂為「神社宗教活動所必需之土地」，確認了神社的 所有權。也就是說，從法律上來說，富士山八合目以上的廣大範圍，至今仍是富士山本宮淺間大社的 私有財產。
尚未解決的法律問題（其二）
令人意外的是，靜岡縣與山梨縣之間，在八合目以上的範圍，其實從未正式劃定過縣界。兩縣至今 始終未能就這條邊界達成共識，導致山頂區域在行政上處於一種既不屬於靜岡、也不屬於山梨的 「懸而未決」狀態。
基於同樣的原因，富士山山頂並沒有正式的門牌地址或地號。由於用來標示土地位置的「地號」尚未 確定，即便是像舊富士山測候所這樣建於山頂的設施，嚴格說來也是一棟沒有登記地址的建築物。 如此著名的國家象徵，其山頂竟然既沒有地址也沒有縣界——這可說是富士山最「內行人才知道」的 冷知識之一。
網路孕育出的傳說
自1980年代起，部分獨立研究者以及帶有神祕學色彩的書籍與網站之間流傳著一種理論：「富士山 並非天然山體，而是古代超文明所建造的巨大人造金字塔」，並主張日本神話中的舞台「高天原」， 其實以遺跡形式隱藏於富士山山腳之下。支持者常以舊版千圓紙鈔背面印有富士山與本栖湖圖案為 「證據」，聲稱「就連貨幣都藏著這個祕密」。
並非超自然，而是氣象現象
葛飾北齋知名的浮世繪《凱風快晴》，也就是俗稱的「赤富士」，讓「夏末至秋初期間，清晨陽光下 山體呈現紅褐色光輝」的現象廣為人知。這絕非超自然事件——而是一種在特定條件下才會出現、有著 明確科學解釋的氣象與光學現象：山坡積雪融盡、裸露岩石表面，加上日出前後陽光以特定角度照射 時才會發生。由於時機與季節都相當有限，攝影愛好者會事先研判天候條件，在「今天似乎有機會拍到 赤富士」時聚集於山腳——堪稱貨真價實、內行人才懂的拍攝目標。
同樣深受攝影愛好者喜愛的還有「鑽石富士」——當太陽（於日出或日落時分）恰好與山頂重疊， 令山頂彷彿閃耀出鑽石般的光芒。由於出現的地點與日期時間可透過天文計算相當精確地預測， 這已成為一種類似朝聖巡禮的活動，攝影愛好者會事先查好日曆，聚集在恰當的觀賞地點。而當月亮 取代太陽與山頂重疊時，則稱為「珍珠富士」，同樣是天象與地形罕見交會的奇觀。
圍繞洞窟的民間傳說
正如「熔岩洞窟」頁面所介紹，人穴是富士講開山祖角行修行之地，已登錄為世界遺產的神聖場所。 但在當地，這裡同時也長期流傳著源自敬畏之情的民間傳說——例如在洞窟內舉止不當會招致詛咒， 或是洞窟深處通往另一個世界。江戶時代的文獻中，甚至記載了一則某位武士隨從進入人穴後就此 音訊全無的軼事，暗示這座洞窟並非僅僅被視為觀光景點，而是一處令人心生畏懼的場所。