起源
距今約70萬至20萬年前，在今日富士山所在之處，曾有一座名為「小御岳」的火山，高度約2,400公尺， 噴發的是黏性較高的安山岩質岩漿。2004年，東京大學地震研究所透過鑽井調查，在小御岳之下發現了 更古老的火山體痕跡，命名為「先小御岳」——顯示富士山的起源故事，其實遠比過去所想像的更為複雜。
隨後，約在10萬至8萬年前，「古富士」開始活動，反覆發生爆發式噴發，堆積火山灰與火山礫，逐漸讓 山體成長。然而，約在2萬5千年前，山體的一部分發生了被稱為「山體崩壞」的大規模崩塌，龐大的 崩塌物一舉沖下山坡，形成「古富士岩屑崩落」。今日山腳一帶寬廣的裾野地形，部分即為這次崩塌的痕跡。
之後，約在1萬1千年前，噴發型態出現重大轉變。爆發式噴發逐漸讓位給黏性較低的玄武岩質熔岩緩緩 流出，在相對短的時間內迅速堆高了山體。這就是「新富士」階段，而我們今日所見左右對稱、平滑的 山稜線，大部分正是由這些新富士熔岩流所完成的。
史上最大規模的噴發
平安時代，西元864年至865年間，大量玄武岩質熔岩自富士山西北側山腹（今長尾山附近）噴出，史稱 「貞觀大噴發」。熔岩以驚人的規模向西北方流動，逐漸淹沒了當時廣布於該地區的一片大湖——「剗之海」。
熔岩流將這片湖泊一分為二，據說即成為今日的西湖與精進湖。歷經千餘年，在這片熔岩覆蓋的高地之上 重新長出的森林，便是我們今日所稱的「青木原樹海」。換言之，樹海本身既是噴發所造成的巨大災變的 傷痕，同時也是一個從災變中重生的生態系統。詳情請見「樹海全貌」頁面。
最近一次的噴發
發生於1707年、江戶時代中期的「寶永大噴發」，是目前有紀錄以來最近一次的噴發。其最大特徵，是 噴發並非發生於山頂火山口，而是在東南側山腹新開出的噴發口——即今日所稱的「寶永火口」。寶永山 這座小山峰，正是在此次噴發中新形成的。
這次噴發屬爆發式噴發，噴出了大量的浮石與火山灰。隨著西風吹送，火山灰一路飄落至江戶城， 當時的紀錄留下了「灰降於江戶」的描述。與貞觀大噴發不同，這次噴發幾乎沒有熔岩流出，而是在 廣大範圍內帶來厚重的降灰——是完全不同類型的噴發。